Gimnáziumi tanulmányait a Pannonhalmi Bencés Gimnáziumban végezte 1940 és 48 között. A világra nyitott cselekvésben megvalósuló bencés szellem, a pozitív értékek felmutatása meghatározta ars poeticáját. Életében többször elmondta: filmesként is a pannonhalmi vetítőteremből indult pályája. Az ELTE olasz-magyar szakos hallgatója volt, majd politikai okok miatt több évig fizikai munkásként dolgozott. A Színház- és Filmművészeti Főiskola filmrendező szakán 1961-ben szerzett diplomát. 1969-ben rendezte első nagyjátékfilmjét. Később Kabay Barnával, Petényi Katalinnal együtt készített játék- és dokumentumfilmeket. A nyolcvanas évektől kezdve főleg nyugatnémet produkcióban forgatott. Verseskötete jelent meg, két színdarabját bemutatták.

Petényi Katalin és Kabay Barna "In memoriam Gyöngyössy Imre" címmel 79 perces dokumentumfilmet forgatott 1996-ban.

A Pannonhalmi Bencés Gimnázium és Kollégium mozija 2006. május 3-a óta viseli Gyöngyössy Imre nevét.

Kitüntetései: Balázs Béla-díj, érdemes művész, Cinema per la Pace-életműdíj (1988)

Filmográfia

• Halál sekély vízben (1994) rendező, forgatókönyvíró 
• Holtak szabadsága (1993) rendező 
• Száműzöttek (1991) rendező, író 
• Keresztények Szovjet-Közép-Ázsiában (1990) rendező 
• Johnny, a szerencsés I-IV. (1989) (TV film) rendező 
• 50 év hallgatás (1989) rendező 
• Cirkusz a Holdon (1988) rendező 
• Elhagyott brazil utcagyerekek (1988) rendező 
• Boat People (1987) rendező 
• A szabadság rabjai (1986) rendező 
• Add tudtul fiadnak (1985) (TV film) rendező 
• Loan I-III. (1985) (TV film) rendező 
• Yerma (1985) rendező 
• Jób lázadása (1983) rendező, forgatókönyvíró 
• Pusztai emberek (1981) (TV film) rendező, forgatókönyvíró 
• A gyerek, akire mindenki vágyott (1980) (TV film) rendező 
• Mint Daedalus és Ikarus (1980) (TV film) rendező 
• Töredék az életről (1980) rendező, forgatókönyvíró 
• Havasi selyemfiú (1978) (TV film) rendező 
• Orvos vagyok (1978) rendező 
• Tengerre néző cellák (1978) (TV film) rendező 
• Két elhatározás (1976) rendező 
• Velencei Biennálé (1976) (TV film) rendező 
• Legenda a nyúlpaprikásról (1975) forgatókönyvíró 
• Memento I-IV. (1975) (TV film) rendező 
• Várakozók (1974) rendező, forgatókönyvíró 
• Giordano Bruno megkísértése (1973) (TV film) író 
• Három királyok (1973) rendező 
• Szarvassá vált fiúk (1973) rendező 
• Meztelen vagy (1971) rendező, forgatókönyvíró 
• A vágy neve Anada (1969) forgatókönyvíró 
• Virágvasárnap (1969) rendező, forgatókönyvíró 
• Férfiarckép (1968) (TV film) rendező 
• Tízezer nap (1967) forgatókönyvíró 
• Változatok egy városról (1965) rendező 
• Zöldár (1965) forgatókönyvíró 
• Sodrásban (1963) forgatókönyvíró 
• Amíg holnap lesz (1962) forgatókönyvíró 
• 1956.11.01. (1959) (TV film) rendező